Ibu guru yang menganggap totto chan nakal, padahal gadis cilik itu hanya punya rasa ingin tahu yang besar. itulah sebabya ia gemar berdiri didepan jendela selam pelajaran berlangsung. karena pada guru sudah tahan lagi, akhirnya totto chan dikeluarkan dari sekolah.
mama pun mendaftarkan totto chan ke tomoe gakuen . tottocahn girasng sekali, disekolah para murid belajar digerbong kereta yang dijadikan kelas. ia bisa belajar sambil menikmati pemandangan luar gerbong dan membanyangkan sedang melakukan perjalanan. mengasyikkan sekalikan?
di tomoe gekuen, para murid juga boleh mengubah urutan pelajran sesuai keinginan mereka. ada yang memulia hari dengan belajar fisika, ada yang mendahulukan mengambar, ada yang ingin belajar bahasa terlebih dahulu, pokoknya sesuka mereka.karena sekolahnya begitu unik , totto chan pun merasa kerasan.
walaupun belum menyadari , totto chan tidak hanya belajar fisika, berhitung, musik, bahasa, dan lain-lain. disana. ia juga mendapatkan banyak pelajaran berharga tentang persahabatan, rasa hormat dan menghargai orang lain, serta kebebasan menjadi diri sendiri.
